Vatikan Gizli Arşivleri, Kutsal Makam tarafından kurulan ve tüm eylemlerin saklandığı merkezi bir depodur. Arşiv, devlet belgeleri, yazışmalar, kilisenin yayımladığı kitaplar ve yüzyıllar boyunca biriktirilen diğer belgeleri içerir. İlkesel olarak görevde bulunan Papa’nın yerine gelecek Papa, Papalık kardinaller meclisi tarafından seçilinceye veya görevdeki Papa ölene ya da istifa edene kadar arşivin sahibidir. Arşiv, 17. yüzyılda Papa Paul V’in talimatları doğrultusunda akademisyenler için sınırlı erişim izniyle açıldı. Ancak, yabancılar için erişim izni yoktu. Arşiv, 1881 yılında Vatikan Kütüphanesi açıldığında XIII. Leo tarafından araştırmacılara açıldı. Bugün ise her yıl binlerce araştırmacı arşivleri incelemektedir.
Arşivle ilgili “Gizli” kelimesi Vatikan Gizli Arşivleri için gizlilik anlamında kullanılmaz. Buradaki anlamı, arşivin Kutsal Makam’ın kişisel mülkiyeti olduğunu ve Roma Curia’ya ait özel bir arşiv olduğunu ifade eder. Ayrıca kelimenin, gizli görevliler, gizli taşıyıcılar ve gizli hakkâk gibi onurlu görevlerin anlamını da taşıdığı bilinmektedir.

Vatikan Gizli Arşivlerinin Büyüklüğü
Vatikan Gizli Arşivlerinin rafları, tahminen 84 km büyüklüğünde belge içermekte ve 35.000 seçmeli kataloğa sahip olmaktadır. Arşivlerin indeksleri yalnızca arşivlerin bulunduğu odalarda kullanılabilir ve bir bütün halinde veya kısmen yayınlanması yasaktır. Arşivlerin korunması için kendi fotoğraf stüdyosu da bulunmaktadır. Vatikan’ın resmi internet sitesine göre, arşivdeki en eski belge 8. yüzyılın sonlarına kadar uzanmaktadır. Ancak yer değiştirme ve siyasal ayaklanmalar, III. Innocentius’tan önceki 13. yüzyıla kadar olan arşiv malzemesinin yok olmasına neden olmuştur.
Vatikan Gizli Arşivleri, Vatikan Kütüphanesi’ne bitişik bir konumdadır ve 1980 yılında yeni bir yeraltı depolama alanı eklenmiştir. Arşiv, yükseköğrenim kurumlarında çalışan ve tarihsel araştırmalar yapmak isteyen nitelikli akademisyenlere bir giriş kartı sağlayarak araştırma yapmalarına izin vermektedir. Ancak, başvuru sahipleri için araştırma amacıyla bir tanıtım mektubu gerekmekte olup, bu mektubun tanınmış bir enstitü veya uygun nitelikli bir kişi tarafından gönderilmesi gerekmektedir. Başvuru sahiplerinin kişisel bilgilerini belirtmeleri gerekmekte ve lisans öğrencileri arşive kabul edilmemektedir.

Vatikan Gizli Arşivlerinde Bulunanlar
Roma’daki Capitol Müzesi’nde sergilenen 100 önemli belge, 400 yıllık Vatikan Gizli Arşivleri’nden seçildi ve Vatikan dışında ilk kez sergilendi. Sergide bulunan belgeler arasında Galileo Galilei’nin yargılanması ile ilgili belgeler, II. Viyana Kuşatması’nın püskürtülmesine dair bir mektup, Osmanlı İmparatorluğu ile yapılan İnebahtı Deniz Muharebesi’ne dair belgeler de yer alıyor. Diğer önemli belgeler ise şunlardır;
- Papa X. Leo’nun Martin Luther’i aforoz ettiği papalık fetvası.
- İngiliz din adamlarının Kral VIII. Henry’nin Aragonlu Catherine ile olan evliliğinin bozulmasını talep eden dilekçesi.
- Tapınak Şövalyeleri davasına ait 60 metre uzunluğundaki belgeler.
- Galileo’nun yargılanması ile ilgili yazışmalar.
- Abraham Lincoln’ün Papa IX. Pius’a yazdığı savaşla ilgisi olmayan mektup.
- Jefferson Davis’in Papa IX. Pius’a yazdığı, savaşın korkunç etkilerinden bahsettiği mektup.
- Michelangelo’nun Papa II. Julius’u üç aydır maaşlarını alamayan muhafızlar konusunda uyardığı mektup.
- İspanyolların yeni topraklar üzerinde egemenlik kurmasına sebep olan Papa VI. Alexander’ın fetvası.
- Meryem Ana’nın “günahsız” gebeliğini öne süren doktrin.
- İdam edilmeden önce Mary’nin Papa V. Sixtus’a yazdığı, hayatını kurtarması için yalvardığı mektup.
- 809 yılına ait Venedik’te bir kiliseye yapılan bağışın belgesi.
- Papa XII. Clement’ın yedinci Dalai Lama’ya gönderdiği, Tibet’te bir Fransisken misyonunun korunmasını talep ettiği mektup.
- Brezilyalı bir rahibin icat ettiği uçan makineye ait dizayn.
- Papa III. Innocent’ın yeni bir haçlı seferi başlatan fetvası.
- Çin İmparatoriçesi Dowager Helena Wang tarafından ipek parşömen üzerine yazılmış, Papa X. Innocent’a gönderildiği halde onun eline geçmemiş olan mektup.

